La sfârşitul secolului al XVI-lea monumentul a ars iar, timp de 200 de ani, Biserica a rămas fără acoperiş. Tot in aceasta perioada, bolta s-a prabusit iar întreg mobilierul medieval a fost distrus. În 1722, mai multi călugări franciscani au construit o capela provizorie, în partea de sud a Bisericii. Monumentul a fost restaurant în anii 1770, însă în timpul Revoluţiei de la 1848 întreaga arhivă şi bibliotecă veche a monumentului au fost distruse.